全国の労働基準監督署は、2026年9月1日から残業指導のやり方を変えました。
厚生労働省が8月19日に公表していた見直しが、実施に移されたものです。

労基署は、時間外労働が月45時間を超えているかどうかだけを見て指導してきましたが、今後は、各事業場が36協定に記載した「健康及び福祉を確保するための措置」が実際に機能しているかを重点的に確認する方針に切り替わります。（参考：残業指導、厚労相「実態を踏まえ行う」　一律「45時間」抑制見直し：朝日新聞）

多くの人事労務担当者は、このニュースを「特別条項付きの36協定さえ結んでいれば、45時間超えても監督署にうるさく言われない。楽になった」と受け止めているのではないでしょうか。
しかし、そのような受け止め方で、毎年特別条項付きの36協定を結び続けていると、繁忙期の残業削減の努力をしないままになり、従業員から見限られる危険性があります。

この記事では、健康福祉確保措置の点検が具体的に何を意味するのか、そして特別条項をただ更新し続けることの何が問題なのかを、労務管理にくわしい社会保険労務士として、解説します。

上限規制そのものは変わっていない

労働基準法上、時間外労働の上限は原則として月45時間、年360時間です。
36協定に特別条項を盛り込めば、これを超えることも可能になりますが、その場合でも休日労働を含めて月100時間未満、複数月平均80時間以内、年720時間以内という上限は変わらず適用されます。

労基署はこれまで、時間外労働が月45時間を超えている事業場に対して、理由を問わず一律に「45時間以内に削減してください」と指導してきました。
今後は、時間数そのものではなく、各事業場が36協定に記載した健康福祉確保措置が実際に機能しているかどうかを重点的に確認します。
過重労働による健康障害が生じるおそれが高いと判断される場合には、引き続き必要な指導を行うとされているため、長時間労働そのものへの監督が緩んだわけではありません。

「書いてあるだけ」の健康福祉確保措置がまず狙われる

特別条項付きの36協定を結ぶ際、企業は次のような措置の中から選び、協定に記載することになっています。
①医師による面接指導
②深夜業の回数制限
③勤務間インターバルの確保
④代償休日や特別な休暇の付与
⑤健康診断
⑥連続した年次有給休暇の取得
⑦心とからだの健康相談窓口の設置
⑧配置転換
⑨産業医等による助言・指導、保健指導

実務では、数年前に前任の担当者が作成した協定をそのまま引き継ぎ、記載した措置が実際に機能しているかを検証しないまま毎年届け出だけを続けている会社が少なくありません。
⑦の相談窓口を選んでいるのに担当者が名前だけで健康相談ができるような知見がない、⑨の産業医の助言・指導を選んでいるのに契約している産業医がいない、といった状態です。
今回の運用変更で労基署がまず確認するのは、この「書いてあるのに動いていない」状態です。

まず、自社の特別条項付き36協定に記載されている健康福祉確保措置を洗い出し、それぞれが名目だけになっていないかを確認しましょう。
相談窓口の担当者と連絡先が周知されているか、契約している産業医が実際に稼働しているか、勤務間インターバルや年次有給休暇の連続取得が現場で運用されているか。
書類上の記載ではなく、実態として点検してください。

本当に見直すべきは、特別条項そのものの必要性

とはいえ、健康福祉確保措置を整えるだけで済ませてよいのか、という点には注意が必要です。
同じ特別条項を毎年更新し続けているということは、その会社の繁忙期における業務量が、恒常的に通常の労働時間の枠を超え、場合によっては通常の残業の上限である月45時間を超えている、ということです。

繁忙期があっても長時間労働をさせずに運用している会社は、実際に存在します。
人員配置の見直し、繁忙期に限定した派遣・アルバイトの活用、業務プロセスの効率化など、負荷を設計で吸収する選択肢を検討したうえで、それでもなお特別条項が必要だと判断したのか。
それとも、既存社員に負荷を寄せるのが一番安上がりだから、という理由だけで、検討すらせずに更新を続けてきたのか。
この違いこそが、労基署対応より先に向き合うべき問題です。

繁忙期の長時間労働を続けている会社に起こること

検討せずに更新を続けている会社で実際に起きるのは、労基署からの指摘より先に、従業員の側の変化です。
毎年同じ時期に長時間労働が発生することが分かっていながら会社が何も手を打たない状態が続くと、従業員は「この会社は変わらない」と見切りをつけ始めます。
人手不足のいま、こうした会社ほど繁忙期の直前や最中に若手から離職していくため、残った社員にさらに負荷が集中するという悪循環に陥りやすくなります。

長時間労働が続く職場では、ハラスメントの相談も増える傾向があります。
疲労が蓄積した管理職ほど部下への言葉が厳しくなり、余裕のなさが叱責の頻度や強さに直結するためです。
特別条項の毎年更新は、労働時間の問題であると同時に、ハラスメントリスクの土壌を毎年つくり直していることでもあります。

特別条項の必要性を説明できるか

自社が「検討したうえでの継続」なのか「検討すらしていない継続」なのかを見分けるには、次のような問いが役立ちます。
同じ部署が、同じ理由で、毎年特別条項の対象になっていないか。
その部署の離職率は、社内の他部署と比べて高くないか。
増員や業務移管を検討した記録が、社内のどこかに残っているか。
これらに答えられないなら、それは「検討すらしていない継続」である可能性が高いということです。

今回の監督署の残業指導の見直しを機会に、特別条項そのものの必要性を問い直すことをおすすめします。
過去数年分の適用実績を振り返り、繁忙期の業務量がどの部署で、どのような理由で発生しているのかを洗い出し、人員配置や業務プロセスの見直しで吸収できる部分がないかを検討したうえで、それでも必要な部分だけを特別条項として残す。
この作業を経ていない毎年更新は、離職やハラスメントという形で、いずれ会社に跳ね返ってきます。

なぜ自社が毎年特別条項を結び続けているのか、その理由を経営者や人事労務担当者自身が従業員に説明できるかどうかを、まず確認する必要があります。