交通費と通勤手当、というタイトルにしましたが、実は、この名称は会社によって様々です。

ここでは、下のような内容としてご説明します。

交通費

営業の客先訪問など、会社の業務のために使った交通費。
会計科目としては、旅費交通費、出張旅費など。

通勤手当

通勤にかかる費用を補助する目的で、会社が従業員に支払う給与の一部。
会計科目としては、給与手当など。

通勤手当についても、給与明細に「交通費」と表示して支払っている会社もありますが、名称はどうあれ、上のような違いがあります。

立替分は給与に入れない

交通費は、営業にかかる経費ですから、いったん社員が立替えて、あとからそれを会社が返す場合、ものはついで、ということで、給与明細に入れてはいけません。

非課税なんだから、入れても影響ないでしょう？ と思われるかもしれませんが、所得税については、一定の基準までは非課税ですが、社会保険（健康保険・厚生年金）、労働保険（雇用保険・労災保険）の保険料を算定するときは、通勤手当も含めた金額で計算します。

つまり、本来給与ではない交通費を給与として支給してしまうと、社会保険などの保険料が、本来の額より高くなってしまうことがあるのです。

また、所得税については非課税だから、社会保険料や労働保険料を計算するとき、通勤手当を入れずに計算してしまう、とう間違いも、よく見受けられます。

これは、保険料が安くなるので、一見うまくやっているようですが、年金事務所などから調査が入れば必ず指摘されますし、従業員の将来の年金額が低くなってしまうということにもなります。

通勤費の支給は義務ではない

通勤手当については、支給するかどうかはまったくの任意で、通勤にかかる実費を会社が支給しなければならないという法律上の規定はありません。

通勤手当をまったく支給しないこともできますし、実費ではなく、会社が決めた基準で支給してもかまいません。

実際は、交通機関を使う場合は実費を、車通勤の場合はガソリン代などを計算して実費相当を支給している会社が多いので、働く側もそれが当然と思っていますから通勤手当がないというのは、不満のもとになる可能性もあります。
実費相当でない場合は、会社規定について、入社の際に説明しておくほうが、よいでしょう。

また、通勤手当を出さないという規定にしておくと、社員が会社の近くに住むように誘導する結果にもなります。
パート・アルバイトについては、近くの人がいいから、とそのような規定にしている例もありますね。

ただ、夫婦共働きで、それぞれの勤務場所が遠い場合、子供の学校の問題、親の介護の問題などで長距離通勤せざるを得ない社員がいる可能性も十分ありますので、その点には配慮が必要です。

また、いままで支給していた通勤手当をなくす、ということも基本できないと思っていたほうがいいでしょう。
労働条件を、社員側が不利益になるように変更するには、ひとりひとり個別に同意を取る必要があります。